Thuajse të gjithë lumenjtë e Shqipërisë paraqesin norma të larta ndotjeje, ndërkohë që më problematike gjendja mbetet në basenin Ishëm–Erzen dhe atë të Semanit. Agjencia Kombëtare e Mjedisit ka publikuar rezultatet e matjeve të kryera gjatë vitit 2016, duke përcaktuar edhe 17 pikat më të ndotura të lumenjve. Ato i përkasin kryesisht Lumit Ishëm e Lumit të Gjanicës.
Në analizën e saj, agjencia i klasifikon ujërat e lumenjve në 5 kategori, që nisin nga shumë e mirë deri te shumë e keqe. Baseni i Drinit në stacionet e monitoruara referuar vlerave limite të parametrave të një cilësie të mirë ku klasifikohen në klasën e tretë, por Drini i Lezhës, klasifikohet në klasën IV dhe si rrjedhojë gjithë baseni klasifikohet në gjendje të varfër. Baseni Ishëm–Erzen dhe baseni i Semanit janë dy basenet më të ndotura, të cilat klasifikohen në klasën V – gjendje e keqe.
Për ndotjen e të dy baseneve fajtorë janë shkarkimet e lëngëta urbane të patrajtuara, si dhe shkarkimet industriale. Baseni i Shkumbinit është një basen më i moderuar, ku impakt të madh ndotjeje kanë stacionet e Paprit dhe Rrogozhinës, të cilat e klasifikojnë këtë basen në klasën III. Baseni i Vjosës referuar vlerave mesatare të monitorimit e klasifikon në gjendje të mirë – klasa II. Baseni i Matit vlerësohet në gjendje të moderuar – klasa II.
